Het lijkt er misschien op alsof de IJssel altijd al door het IJsseldal heeft gelopen, maar niets is minder waar. Er was al ruimschoots bewoning toen de IJssel zich als een nieuwe Rijntak ontwikkelde. Rond het begin van de jaartelling stroomde er in het zuidelijke deel van het IJsseldal een andere rivier, de Berkel. Deze stroomde in omgekeerde richting, namelijk naar het zuiden. De Oude IJssel voegde zich daar ter hoogte van Doesburg bij. Samen stroomden ze bij Arnhem in de Rijn. Zutphen en Doesburg liggen dan ook op rivierduinen die vooral langs de Berkel en de Oude IJssel zijn ontstaan.
In het noordelijke deel van de IJsselvallei stroomde een aantal beken in noordelijke richting, te beginnen met de huidige Schipbeek (bij Deventer). De waterscheiding tussen beide stelsels lag ter hoogte van wat nu de Voorsterklei heet, bij Voorst dus. De IJsselvallei zelf is een relict van de oude ijstijden en een voormalige bedding van de oer-Rijn.
De IJssel is uiteindelijk ontstaan als een doorbraak tussen beide bekenstelsels, vermoedelijk aan het begin van de 4e eeuw. De oorzaak ligt er in, dat de Berkelmonding, tussen Arnhem en Doesburg en later tussen Arnhem en Zutphen, bij hoge waterstanden in de Rijn steeds meer water ging bevatten. Het is niet onmogelijk dat daarin de waterhuishoudkundige maatregelen van de Romeinse veldheer Drusus een rol hebben gespeeld, maar anders dan soms wel wordt beweerd, lag de legendarische ‘Drususgracht’ niet in de IJsselvallei. Die lag in de Betuwe.
Om hun noordelijke grens (‘limes’) te verdedigen stuwden de Romeinen bij het splitsingspunt van de Waal en de Neder-Rijn meer water dan natuurlijk naar de Neder-Rijn. Ten slotte brak de watervloed door de waterscheiding en de rivierduinen heen en baande zich een weg naar het noorden. Het duurde daarna zeker nog een aantal eeuwen voordat een duidelijke geul was gevormd die ook bevaarbaar was. In de daarop volgende periode heeft de loop van de IJssel zich regelmatig verlegd. Ook de mens heeft daarin duidelijk de hand gehad. Wie de huidige loop vergelijkt met oude kaarten en reconstructies, ziet een voortgaand proces van kanalisatie, bedijking en verharding met kribben en stenen oevers. Dat proces is nog niet ten einde. De laatste kanalisatie stamt weliswaar uit 1959, maar nog zeer recent is ten zuiden van Kampen een bypass naar het Drontermeer gegraven. Ondertussen zijn Rijkswaterstaat en de waterschappen bezig met nieuwe nevengeulen te graven die het water bij zeer hoge waterstanden sneller naar het IJsselmeer moeten afvoeren. Onderweg komt u diverse van deze ‘Ruimte voor de Rivier-projecten’ tegen.